Současná budova školy pochází z roku 1894, historie je však dochována pouze od roku 1945. Ihned po příchodu nových osídlenců v roce 1945 přišli do obce učitelé, kteří měli za úkol zorganizovat vzdělávání dětí ve školách. Byly zde zřízeny dvě školy – obecná pro děti 1. – 5. ročníku a újezdní měšťanská škola pro 6. – 9. ročník.
Od 3. září začalo v naší budově vyučování ve dvou třídách obecné školy, kam bylo zapsáno 62 dětí. Prvními učiteli ve školním roce 1945 - 46 byli Karel a Albína Bohuslavovi. Vyučování v měšťanské škole započalo také v září 1945 se 35 zapsanými žáky. 1. prosince 1945 byla otevřena třída mateřské školy jako součást obecné školy. V dalších letech se počet žáků stále zvyšoval až na rekordních 518 ve školním roce 1959 - 60, kdy zde učilo 24 učitelů. Poté se počet žáků i učitelů začal opět snižovat.
Název školy byl v průběhu její existence také několikrát změněn. Z obecné a měšťanské školy vznikla v roce 1953 Osmiletá střední škola, poté Devítiletá střední škola, Základní devítiletá škola a Základní škola. Od roku 2006 má naše škola oficiální název Základní škola a Mateřská škola Dolní Dunajovice, okres Břeclav. Od 1. května 2019 opět dochází ke změně názvu školy:
Základní škola a Mateřská škola Dolní Dunajovice, příspěvková organizace
Ředitelé ZŠ a MŠ v Dolních Dunajovicích
Obecná (národní) škola
- Karel BOHUSLAV 1945 – 1946
- Miroslav KLÍMA 1946 – 1953
Měšťanská (střední) škola
- Stanislav ZOUNEK 1945 – 1950
- Zdeněk PAVELKA 1950 – 1951
- Jiří HAVRÁNEK 1951 – 1953
Od roku 1953 jedno vedení - Osmiletá střední škola, Devítiletá střední škola, Základní devítiletá škola, Základní škola, Základní škola a Mateřská škola Dolní Dunajovice.
- Jiří HAVRÁNEK 1953 – 1960
- Oldřich JEŘÁBEK 1960 – 1974
- Alois VÁLKA 1974 – 1985
- Bohumil ZOUHAR 1985 – 1990
- Filip HRON 1990 – 2001
- Mgr. Miroslav IVANIŠ 2001 – 2017
- Mgr. Vladimír MIKEL 2018 –